操作过程是：瓶器经风送入机后被机械手抓起送入机器的卡瓶口式传送带，每次可以进10个瓶。
瓶器进入消毒区，在预先已被抽空的真空室里用浓度为35%的汽化的过氧化氢向瓶器内外喷射，经过一段反应时间，通过第二次抽空将残余水汽抽出，通入热无菌空气将瓶器吹干；果汁经2次灌装达到规定的容量，注入量是由流量计控制的灌注阀与瓶器不接触，必要时可在灌装后再注入液氮以充分排除氧气；用铝塑薄膜封口，此后瓶子被移出无菌区，并加旋启盖。
从瓶器消毒开始直到瓶口密封，在瓶口的上区域为无菌区，下方为非无菌区，无菌区的空间只有1.5m3。机器连续运行48-72小时后应对系统进行CIP。
生产开始前，先用121℃蒸汽对系统灭菌，灭菌后用无菌空气吹干，再用70℃的过氧化氢溶液喷雾，停留片刻后再用热空气吹干。对灌注站用120℃ -130℃蒸汽杀菌。
直线式无菌灌装机适于灌注高酸或低酸果汁或牛奶，可用于PET或HDPE（高密度聚乙烯）材料制成的瓶器。
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